کد MODFLOW که برای شبیه سازی جریان اب زیرزمینی سه بعدی ارائه گردیده شامل برنامه اصلی و تعداد زیادی برنامه های فرعی بوده که این برنامه های فرعی در تعدادی نرم افزار مستقل دسته بندی شده اند . هر بسته نرم افزار برای شبیه سازی یکی از سیستم های هیدرولوژیکی نظیر تغذیه از رودخانه ، تخلیه توسط زهکش ، برداشت آب توسط چاه ، …  یا برای حل معادلات خطی سیستم جریان با یک روش خاص بکار می رود .

تقسیم کد به تعدادی برنامه های فرعی باعث می شود که استفاده کننده به راحتی بتواند جنبه های هیدرولوژیکی را شبیه سازی نماید . از طرفی اضافه کردن قابلیت ها و قسمت های جدید ، بدون آنکه نیازی به تصحیح قسمت های موجود باشد ، امکان پذیر باشد.

کد مورد نظر به زبان FORTRAN 77 می باشد . و بر روی بسیاری از کامپیوترها که دارای کمپایلر FORTRAN 77 باشند قابل اجرا می باشد .

این نرم افزار اولین بار در سال 1984 تحت عنوان مدل جریان سه بعدی تفاضل های محدود ارائه گردید .

مزایای مدل:

• این مدل برای حل معادلات از روش تفاضل محدود استفاده می کند که به اسانی قابل درک است .
• بر روی بسیاری از کامپیوترهای مختلف کار می کند .
• در حالت 1 بعدی ، 2 بعدی ، نیمه 3 بعدی و 3 بعدی کاربرد دارد .
• جنبه های شبیه سازی آن کاملا ازمایش شده است .
• مطالب و نشریات زیادی در رابطه با آن وجود دارد .

عوارض مختلفی از یک آبخوان را می تواند شبیه سازی کند که شامل موارد زیر می شود:

• آبخوان تحت فشار و آزاد
• تغییرات ذخیره
• سنگ بستر و مناطقی که خارج از محدوده آبخوان هستند ولی بر جریان اب تاثیر می گذارند .
• رودخانه هائی که با آبخوان در تبادل آب هستند .
• زهکش ها و چشمه هائی که آب را از آبخوان تخلیه می کنند .
• چشمه های فصلی
• مخازنی که با آبخوان در تبادل آب هستند .
• تغذیه به وسیله بارندگی و آبیاری
• تبخیر و تعریق
• چاههای تغذیه یا تخلیه

ورودی های مدل :

خصوصیات آبخوان برای هر سلول باید وارد شود ، همچنین اگر اطلاعات دیگری در زمینه سایر عوارض از جمله :

• چاه ها
• رودخانه ها
• زهکش ها
• موانع جریان و غیره

داشته باشیم باید آنها را نیز وارد کنیم .

خروجی های مدل :

پس از حل معادلات توسط مدل پارامترهای زیر استخراج می شود :

• هد آب زیرزمینی در گام های زمانی مختلف
• منحنی های تراز مربوط به هد آب زیرزمینی
• بیلان آب
• دبی جریان برای هر سلول